空調凈化的設計是與工藝的布局、生產流程密切結合的。不同類型，不同用途的實驗室空調凈化系統都各有特點。
       實驗室的十級、百級、千級區域均有溫度和濕度的控制要求，空調系統用的潔凈空氣處理機組的冷源采用7/12℃冷凍水（或者蒸發溫度為7℃的環保冷媒），加熱采用45/40℃的熱水（或者PTC電加熱），加濕采用電極式加濕器；過濾器配置初、中、亞高效三級過濾器。潔凈實驗室內，千級及百級區域采用H14高效過濾器，十級區域采用U16超高效過濾器送風方式。采用的氣流形式為頂部送風，氣流經高架地板孔洞至回風夾道。百級、十級區域，H14高效過濾器及U16超高效過濾器需要滿布。

實驗室所配潔凈空氣處理機組的功能段組合順序如下：新風段→初效過濾器段→回風段→中效過濾器段→冷盤管段→輔助電加熱段→電極加濕段→送風機段→均流段→亞高效過濾段→出風段。

潔凈系統空調自動控制：凈化空調自動控制系統，對室內空氣的溫度、相對濕度、潔凈度等加以自動控制，可提供凈化區域所需要的空氣的溫、濕度、潔凈度的條件，使空氣質量達到凈化區域需要的凈化標準。從而保證潔凈環境的質量以及患者的健康安全等。